Tive um problema em um script que percorria vários produtos em dezenas de bases diferentes.
Quando executado ele parava o MySQL tipo um "estouro" de conexões, tentei de tudo: aumentar o limite de arquivos abertos (open_files_limit), aumentar o limite de conexões (max_conections) e também fechar as conexões abertas (mysql_close), mas nada disso adiantou, por fim tentei o "mysql_pconnect" e tudo funcionou até mais rápido do que estava.
Então se você vai usar várias conexões no mesmo script com loops use o "mysql_pconnect" ao invés do tradicional "mysql_connect".
Veja mais em: mysql_pconnect
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